继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：王骁 田曦薇 王传君 朱云峰 张瑞涵 姜冠南 马旭东 宋郁河 董宝石 雷佳音 扈耀之 张哲华 詹鑫 谭希和 任程伟 白志迪 赵达 闫佩伦 黄晓娟 王沛禄 徐冬冬 姚橹 周大勇 栾元晖 刘巴特尔 宗俊涛 鞠帛展 刘闯 宋熹 王正权 荣飞
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演员：黄晓明 蔡文静 谭卓 张博 林佑威 田蕾希 李春嫒 李强 颜世魁 邬立朋 刘恩尚 赵梦迪 武笑羽 闫勤 高爽 许之糯 赵圆圆 郭小炜 萧子墨 孙越 郭骁仪 罗晨心 任伊瑄 刘敏 吕鑫 柯国庆 尤勇智 赵雅莉 孔斐 方勇 练卓 胡涂 景岗山 王茂蕾 南伏龙 梅俪儿 徐洁儿 沈晓海 陈紫函 孙浩 门东毅 代文君 雷汉 刘凯 刘浩群 万梓婷
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